Kanserde Dairesel RNA
Peyzajı
soyut
Dairesel RNA’lar (circRNA’lar)
kovalent olarak kapalı yapıları, yüksek stabiliteleri ve gen regülasyonunda yer
alan rolleri nedeniyle ilgi çekici bir
RNA sınıfıdır. Burada,> 2000’den fazla kanser
numunesinde circRNA’ları tespit etmek ve karakterize etmek için bir exome
yakalama RNA sıralama protokolü kullandık. Ribo-Sıfır ve RNaz R ile
karşılaştırıldığında, yakalama sekansı, circRNA’ların zenginliğini ve doğru
dairesel-doğrusal oranlarını korudu önemli ölçüde arttırdı. Yakalama sekansını
kullanarak, bugüne kadarki en kapsamlı circRNA türlerinin kataloğunu oluşturduk:
MiOncoCirc, öncelikle tümör dokularında doğrudan tespit edilen circRNA’lardan
oluşan ilk veritabanı. MiOncoCirc kullanarak, prostat kanseri için
biyobelirteçler olarak hizmet etmek üzere aday circRNA’ları belirledik ve
idrarda circRNA’ları tespit edebildik. Ayrıca, yeni bir dairesel transkript
sınıfı tespit ettik. farklı genlerden kaynaklanan ekzonları içeren okuma-circRNA’lar
olarak adlandırılır. MiOncoCirc, circRNA’ların kanser tipleri arasında tanısal
veya terapötik hedefler olarak geliştirilmesi için değerli bir kaynak olacaktır.
Yazar bilgileri:
1-Michigan Üniversitesi, Hesaplamalı Tıp ve Biyoinformatik Anabilim Dalı, Ann
Arbor, MI 48109, ABD; Michigan Çeviri Patolojisi Merkezi, Michigan Üniversitesi,
Ann Arbor, MI 48109, ABD.
2-Michigan Çeviri Patolojisi Merkezi, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI
48109, ABD; Biyoloji ve Biyomühendislik Anabilim Dalı, Hindistan Teknoloji
Enstitüsü Dharwad, Dharwad, 580011, Hindistan.
3-Michigan Çeviri Patolojisi Merkezi, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI
48109, ABD.
4-Michigan Üniversitesi, Hesaplamalı Tıp ve Biyoinformatik Anabilim Dalı, Ann
Arbor, MI 48109, ABD; Michigan Çeviri Patolojisi Merkezi, Michigan Üniversitesi,
Ann Arbor, MI 48109, ABD; Patoloji Anabilim Dalı, Michigan Üniversitesi, Ann
Arbor, MI 48109, ABD; Rogel Kanser Merkezi, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI
48109, ABD. Elektronik adres: nesvi@med.umich.edu.
5-Michigan Üniversitesi, Hesaplamalı Tıp ve Biyoinformatik Anabilim Dalı, Ann
Arbor, MI 48109, ABD; Michigan Çeviri Patolojisi Merkezi, Michigan Üniversitesi,
Ann Arbor, MI 48109, ABD; Patoloji Anabilim Dalı, Michigan Üniversitesi, Ann
Arbor, MI 48109, ABD; Howard Hughes Tıp Enstitüsü, Michigan Üniversitesi, Ann
Arbor, MI 48109, ABD; Rogel Kanser Merkezi, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI
48109, ABD; Üroloji Anabilim Dalı, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI 48109,
ABD. Elektronik adres: arul@umich.edu.
biyolojik;
kanser;
circRNA;
circRNA
veri
tabanı;
Exome
yakalama
dizisi;
kodlamayan
RNA;
okuma
transkriptleri