Kanserde Dairesel RNA Peyzajı


soyut

Dairesel RNA’lar (circRNA’lar) kovalent olarak kapalı yapıları, yüksek stabiliteleri ve gen regülasyonunda yer alan rolleri nedeniyle ilgi çekici bir RNA sınıfıdır. Burada,> 2000’den fazla kanser numunesinde circRNA’ları tespit etmek ve karakterize etmek için bir exome yakalama RNA sıralama protokolü kullandık. Ribo-Sıfır ve RNaz R ile karşılaştırıldığında, yakalama sekansı, circRNA’ların zenginliğini ve doğru dairesel-doğrusal oranlarını korudu önemli ölçüde arttırdı. Yakalama sekansını kullanarak, bugüne kadarki en kapsamlı circRNA türlerinin kataloğunu oluşturduk: MiOncoCirc, öncelikle tümör dokularında doğrudan tespit edilen circRNA’lardan oluşan ilk veritabanı. MiOncoCirc kullanarak, prostat kanseri için biyobelirteçler olarak hizmet etmek üzere aday circRNA’ları belirledik ve idrarda circRNA’ları tespit edebildik. Ayrıca, yeni bir dairesel transkript sınıfı tespit ettik. farklı genlerden kaynaklanan ekzonları içeren okuma-circRNA’lar olarak adlandırılır. MiOncoCirc, circRNA’ların kanser tipleri arasında tanısal veya terapötik hedefler olarak geliştirilmesi için değerli bir kaynak olacaktır.

 

Yazar bilgileri:

1-Michigan Üniversitesi, Hesaplamalı Tıp ve Biyoinformatik Anabilim Dalı, Ann Arbor, MI 48109, ABD; Michigan Çeviri Patolojisi Merkezi, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI 48109, ABD.
2-Michigan Çeviri Patolojisi Merkezi, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI 48109, ABD; Biyoloji ve Biyomühendislik Anabilim Dalı, Hindistan Teknoloji Enstitüsü Dharwad, Dharwad, 580011, Hindistan.
3-Michigan Çeviri Patolojisi Merkezi, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI 48109, ABD.
4-Michigan Üniversitesi, Hesaplamalı Tıp ve Biyoinformatik Anabilim Dalı, Ann Arbor, MI 48109, ABD; Michigan Çeviri Patolojisi Merkezi, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI 48109, ABD; Patoloji Anabilim Dalı, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI 48109, ABD; Rogel Kanser Merkezi, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI 48109, ABD. Elektronik adres: nesvi@med.umich.edu.
5-Michigan Üniversitesi, Hesaplamalı Tıp ve Biyoinformatik Anabilim Dalı, Ann Arbor, MI 48109, ABD; Michigan Çeviri Patolojisi Merkezi, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI 48109, ABD; Patoloji Anabilim Dalı, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI 48109, ABD; Howard Hughes Tıp Enstitüsü, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI 48109, ABD; Rogel Kanser Merkezi, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI 48109, ABD; Üroloji Anabilim Dalı, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor, MI 48109, ABD. Elektronik adres: arul@umich.edu.

biyolojik; kanser; circRNA; circRNA veri tabanı; Exome yakalama dizisi; kodlamayan RNA; okuma transkriptleri